许多空调消毒剂，如甲醛、过氧乙酸和氯消毒液，都具有刺激性和腐蚀性，对动物和人体健康都是有害的。有的刺激眼睛，引起眼泪、水肿；有的刺激呼吸道，引起打喷嚏、咳嗽、气管和喉咙水肿；有的引起皮疹或使动物坐立不安等。
杀灭或抑制空调消毒剂中微生物的化学物质可分为消毒剂和治疗剂。消毒剂因其对人体组织和细胞的损伤而只能外用。常规浓度的化学处理剂对人体组织和细胞的损伤较小，既可用于外用又可用于内部使用。化学消毒剂通常以液态或气态的形式使用。液体消毒剂通常通过喷雾、浸泡、清洗和涂抹来使用，气态消毒剂通常通过加热、氧化、焚烧等方法进行。
过氧乙酸具有很强的氧化作用，能快速杀死各种微生物，包括病毒、细菌、真菌和孢子。空调消毒剂是一种高效、广谱、快速的杀菌剂。其分解产物是乙酸、过氧化氢、水和氧气，因此不会留下任何有害物质，并可广泛应用于各种器具和空气环境消毒。然而，原液是强氧，腐蚀性强，不能直接用手触摸。
